行政院院會11月9日通過農委會擬具的農田水利會組織通則部分條文修正草案，農委會表示，為因應氣候變遷導致糧食安全挑戰及社會、經濟環境改變，並改善農田水利會會長及會務委員直選後衍生的地方派系紛爭等情況，達到強化農業水資源利用、擴大對農民服務範圍、強化組織專業經營等政策目標，將農田水利會改制為公務機關有必要性及急迫性；立法院預計15日處理草案是否付委審查。

立法委員孔文吉、張麗善、柯志恩及許毓仁等下午在立法院經濟委員會質詢時表示，農田水利會現金達新台幣756億元，資產上兆元，事業用地2萬多公頃、非事業用地1544公頃，改制後這些資產是否全數充公？是否照顧到150萬名會員需求？

李退之表示，農田水利會資產，未來會成立特種基金專款專用，「沒有充公」、「沒有納為國有」。至於基金衍生孳息等，會提供農田事業灌溉使用。

李退之說，依行政院修法版本，目前會暫停農田水利會長選舉，等立法院通過修法後，再提後續組織如何改變相關細則。

據農委會規劃，目前農田水利會服務31萬公頃灌溉區，但還有37萬公頃灌溉區外土地目前沒人協助，水利會改制後，將進一步服務目前灌溉區外土地。