為加強防疫，環保署與各地方環保局已於3月25日成立防疫消毒大隊，就民眾出入頻繁的戶外公共場所環境加強消毒；此外，參照指揮中心所訂大型營業場所、企業持續營運等指引，整理成「營業場所自主環境消毒參考指引」，請場所業者加強執行。

環保署表示，營業場所消毒重點包括人員經常接觸的表面，如服務櫃台、餐桌椅、電梯按鈕、各式觸摸式設備、手扶梯、手推車、廁所門把、水龍頭、扶手、馬桶蓋、沖水握把、更換尿布台以及場所地面；每天至少一次，如顧客人數眾多且頻繁出入，應提高消毒頻率。

消毒方式則是使用1比100稀釋漂白水或次氯酸鈉，以拖把或抹布作用15分鐘以上，再以濕拖把或抹布擦拭清潔乾淨，由內而外、由上而下消毒。

消毒工作人員應穿戴手套、外科口罩、防水圍裙等個人防護裝備。環保署提醒，每次消毒作業應做成紀錄，並經督導人員檢查確認。