日本於16日召開臨時國會，選出自民黨新任黨魁暨現任內閣官房長官菅義偉為第99任首相，對此，總統府發言人張惇涵表示，蔡總統代表我國政府與國民對菅義偉首相表達祝賀之意，並祝福日本政府能夠在菅首相的領導之下，順利推動各項國政，國家發展昌盛。

張惇涵表示，菅首相過去即數次公開支持我國，肯定雙方共享自由、民主、人權、法治等基本價值，也曾倡議支持我國加入國際組織，是臺灣的重要國際友人。而日本與臺灣之間往來密切，日本亦是我國重要夥伴，我國將持續推動與日本的多元合作，並持續深化臺日友好的夥伴關係，期盼能共同增進兩國人民福祉，並共同維護區域的繁榮發展與和平穩定。

張惇涵也表示，總統再次感謝甫卸任的安倍晉三前首相多年以來對我國的支持，並由衷期盼安倍前首相能夠靜養身體，早日恢復元氣。