對於民進黨立院黨團建議監察院撤回已提交立法院的「國家人權委員會職權行使法」，人權會主委陳菊4日表示，經過面對面溝通後，人權會了解黨團在立法過程中的思考，會完全尊重立法院。陳菊也否認黨團總召柯建銘曾在溝通過程中拍桌，她表示，倆人關係非常好，與黨團成員也都能理性對談。

監察院提出「國家人權委員會職權行使法」送立法院審議，除了司法院對部分條文有意見外，民進黨團也認為有擴權的疑慮，因此希望監察院撤回，黨團總召柯建銘並表示不會為了10位人權委員另設職權行使法；之後甚至傳出人權會與民進黨團在11月底溝通時，因雙方各持己見，柯建銘還一度為此拍桌。

國家人權委員會主委陳菊4日上午為「國際人權日主題特展」揭幕前受訪時表示，人權會與黨團對於人權的關懷是一致的，有不同意見是因為平常相互溝通與理解不夠。她與柯建銘關係很好，與黨團成員也都能理性對談，沒有媒體所稱的拍桌一事。陳菊：『(原音)後來我們有跟黨團的委員，還有黨團的一些幹部大家互相溝通，他們就比較理解，他們的一些顧慮、思考，當然我會覺得立法，我們是完全尊重立法院，所以他們的一些意見，我想我們監察院內部，我們再來做一些討論。』

陳菊表示，社會上許多民間團體希望國家人權委員會能獨立行使職權，但即使沒有職權行使法，國家人權會委員及所有監察委員還是能獨立行使職權。