2020年1月武漢肺炎疫情爆發以來，許多國家對入境嚴格審查，為避免中華民國護照遭誤認為來自中國，影響持照人旅外權益與便利性，外交部爰於2021年1月11日發行新版晶片護照，調整護照封面設計。新版晶片護照封面，將英文國名「REPUBLIC OF CHINA」環繞於國徽外圍，並放大「TAIWAN」字樣，進一步提升護照封面的「台灣」辨識度，至護照內頁及防偽設計則維持不變(圖一)。

外交部已核發之第一、第二代晶片護照(圖二)，及外館核發之無晶片短效期緊急護照(圖三)依其效期均繼續有效。