台北市和平醫院封院責任近期引起討論，前副總統陳建仁說，當時中央和地方開會後，決定封院，但要分艙分流、循序漸進，但台北市政府時間一到就拉起封鎖線，並沒有好好規劃、造成大家驚慌，「最差的開始就是和平封院」。

陳建仁表示，他上任衛生署長後，建立起院內感染管控措施，在3個星期將400、500間醫院的管控都做好。

無黨籍立委林昶佐的直播節目「昶昶直播」今天邀請前副總統陳建仁參與，對於衛生福利部桃園醫院爆發群聚感染，陳建仁表示，現在桃園醫院的感染為院內感染與家庭內感染，還沒有社區感染的案例傳出，大家要謹慎、但不用驚慌，勤洗手、戴口罩、避免到人多的地方。

陳建仁說，政府對於桃園醫院的處理有學到當年經驗，有計劃的進行，但有人拿以前的狀況來比較，他認為沒必要，而且應該要從失敗中找更好的處理方法，怎麼會把失敗經驗拿出來講；他常跟國外媒體說，台灣的防疫如此成功是因為把SARS(嚴重急性呼吸道症候群)的失敗當作墊腳石越做越好，而非跌倒後爬不起來。

陳建仁指出，包括傳染病防治法修訂等，都是在SARS疫情後建立，而台灣人民經過H5N1禽流感、H1N1等挑戰，學習到很多，也能配合政府的防疫措施，台灣人民的公共衛生與防疫知識在全世界的表現相當好。

2003年台灣爆發SARS，其中和平醫院封院，近來引起各界討論責任歸屬，時任台北市長的前總統馬英九為此辯駁，指此事是中央下令、地方執行，但民進黨則指出高院判決書認定市政府害命，國賠確定，請馬英九不要刻意忘記過去的事實。