藻礁公投衝過公投連署門檻，但經濟部宣稱，若公投一旦通過，將導致第三天然氣接收站案喊卡，恐增加燃煤，遭質疑是威脅民眾在「藻礁、燃煤二選一」。對此，行政院長蘇貞昌表示，政府盡全力保護藻礁，並維護穩定供電，但此事不是對抗，也絕對沒有威脅，而是完整地讓國人知道，讓大家好做各方面及對台灣最好的抉擇。

「珍愛藻礁公投」第二階段連署跨過法定門檻，但經濟部及行政院都表示，若公投結果使第三天然氣接收站案喊卡，恐會增加燃煤，此番說法被在野黨及環保團體批評是威脅人民在「藻礁、煤然二選一」。

對此，行政院長蘇貞昌在立法院受訪時表示，此事不是經濟與環保的對抗，而是與環保的抉擇，政府盡全力保護藻礁，維護穩定供電，畢竟供電是民生生活所最必要，分秒不可以斷，若要換址，起碼也要超過10年以上時間，北部及科學園區的供電會受到很大影響，需要全盤考慮。

蘇貞昌強調，他要求資料完整公開、說明，希望有利於人民做出正確選擇，但絕對不是威脅。蘇貞昌說：『(原音)所以我特別拜託一定要把完整的資料跟國人報告，同時持續的溝通，大家最明智的抉擇。這個不是對抗也絕對沒有威脅，是完整地讓國人知道，大家好做各方面、對台灣最好的抉擇。

另外，針對勞保財務惡化，2026年面臨破產危機，行政院政務委員林萬億日前坦言勞保破產時間緊迫，政府正蒐集各界對於勞保條例的修正，也會依照蔡英文總統的承諾撥補基金缺口。蘇貞昌對此也表示，「政府沒倒，勞保絕對不會倒」，政府努力經營，也各方獲利，但勞保改革在整體上還要蒐集各方意見，目前並沒有做這方面的討論。