高雄市民生用水部分來自被環保團體稱為「屎尿河」的屏東東港溪，屏東縣環保局表示，東港溪近5年來的整治見成效；環團則呼籲高雄市政府投資東港溪的整治。

東港溪的上游鄉鎮有許多的養豬戶，畜牧廢水排入東港溪，讓東港溪被環保團體稱為「屎尿河」，鳳山水庫引用東港溪5萬噸的水，地球公民基金會執行長李根政指「政府應該改善東港溪污染，拿乾淨的水給高雄人喝」。

針對東港溪畜牧廢水污染問題，屏東環保局表示，環保局自108年陸續推動「夜鷹早鳥稽查」等計畫，加強取締畜牧場廢水及異味問題，也聯合農業處輔導畜牧業辦理畜牧糞尿資源化作業，將畜牧廢水引入農田灌溉，東港溪流域畜牧糞尿資源化比率超過20%。

環保局表示，縣府也興建甘棠水質淨化設施及人工濕地及公共污水下水道處理系統，同步改善河川水質。環保局指出，東港溪101年嚴重污染長度為18.1%，108年嚴重污染長度降至8.1%，整體水質從常年嚴重污染降至中度污染，去年更是環保署列管重點7條河川中，唯一污染改善達預定目標的河川，污染削減成效顯著。

環保局表示，東港溪水質狀況明顯提升，港西抽水站近年水質改善已於108年度解除列管，顯見屏東縣政府對東港溪整治成效。

藍色東港溪保育協會7年前與水利署合作、結合東港溪上游4個鄉鎮公所，輔導養豬戶及農民將豬糞尿變成沼液、沼渣後灌溉農田，近年再將計畫與環保署的畜牧糞尿資源化結合，理事周克任表示，東港溪已從早期的丙級水體提升到乙級水體。

周克任表示，7年來輔導東港溪上游新埤、潮州、萬巒和竹田4鄉鎮將畜牧廢水回歸農田，所整治的河川中，新埤沙崙溪及潮州民治溪已從昔日混濁到今日有魚兒悠游。

周克任表示，畜牧糞尿資源化需要長時間說服及輔導農民和養豬戶，而且需要槽車大隊載運沼液、沼渣，相關經費不是財庫拮据的屏東縣政府單獨能完成，他認為，高雄市既然使用東港溪的水，市政府也應該投資東港溪的整治，與屏東縣一同整治東港溪。